Był dziekanem Wydziału Wychowania Muzycznego (1993-1999), pełnił funkcję prorektora ds. artystycznych (1999-2005). W latach 2005-2012 był dziekanem, a w latach 2012-2016 prodziekanem Wydziału Dyrygentury, Jazzu i Edukacji Muzycznej Akademii Muzycznej w Bydgoszczy. W latach 2016-2020 ponownie pełnił funkcję dziekana Wydziału. Od września 2020 roku jest prorektorem ds. artystycznych, studenckich i promocji Akademii Muzycznej imienia Feliksa Nowowiejskiego w Bydgoszczy.
Chóralistyką zajmuje się od 1982 roku, jest założycielem i byłym dyrygentem Chóru Kameralnego Akademii Muzycznej (1986-2020), jest dyrygentem Chóru Collegium Medicum Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Bydgoszczy (od 1989).
Z prowadzonymi przez siebie zespołami osiąga laury na międzynarodowych konkursach chóralnych – zdobył Grand Prix m.in.: w Barczewie oraz w Ochrydzie w Macedonii w roku 2017 (Chór Kameralny AM), w Sankt Petersburgu w Rosji w roku 2018 (Chór Collegium Medicum UMK), nagrody I i III w Busan w Korei Południowej w roku 2018 (Chór Kameralny AM), III nagrodę w kategorii chórów mieszanych w Tokio w Japonii w roku 2019 (Chór Kameralny AM), I nagrodę oraz nagrodę specjalną im. Tomislava Zografskiego w Ochrydzie w roku 2019, I nagrodę w kategorii chórów i zespołów wokalnych na Międzynarodowym Festiwalu „Balkan Folk Fest” w Warnie w Bułgarii w roku 2022, I nagrodę (złoty dyplom) oraz nagrodę specjalną za najlepsze wykonanie utworu o tematyce sakralnej w Ochrydzie w roku 2023 (Chór Collegium Medicum UMK).
W latach 1995-1999 był prezesem Oddziału Bydgoskiego Polskiego Związku Chórów i Orkiestr. W roku 2019 został ponownie wybrany na to stanowisko. Rok później doprowadził do połączenia Oddziałów Bydgoskiego i Pomorskiego (Toruńskiego) – od 2020 tworzą Oddział Kujawsko-Pomorski Polskiego Związku Chórów i Orkiestr.
Janusz Stanecki zasiada w jury wielu krajowych i międzynarodowych konkursów chóralnych. Za swe osiągnięcia został uhonorowany wieloma odznaczeniami, nagrodami i wyróżnieniami, m.in.: Złotą Odznaką Honorową Polskiego Związku Chórów i Orkiestr, Złotym Krzyżem Zasługi, Medalem Kazimierza Wielkiego za zasługi dla Miasta Bydgoszczy, Nagrodą Marszałka Województwa Kujawsko-Pomorskiego, Medalem Komisji Edukacji Narodowej.